La Universidad Nacional de Trujillo fue fundada el 10 de mayo de 1824, en los albores de nuestra época Republicana, mediante Decreto expedido por el General Simón Bolívar en su cuartel general de Huamachuco, precisamente a sugerencia del ilustre huamachuquino Don José Faustino Sánchez Carrión, propulsor de este anhelado proyecto, quien por entonces era su Secretario Personal y Ministro Único del Estado Peruano. Y nos fue otorgada esta universidad por nuestra “… fidelidad a la causa y por multiplicados importantes servicios al ejército libertador en las circunstancias más apuradas de la República”. Cosa muy cierta. No obstante, estos acontecimientos bélicos que sellaron la independencia, la pronta instalación del nuevo gobierno republicano y las posteriores y continuas sucesiones caudillistas hicieron que diversos decretos y medios legales de aspecto educativo se quedaran en papel y buenas intenciones; y si se llegaron a concretar no pudieron aplicarse por falta de sostén económico.
Fue el 17 agosto de 1831 en que el Supremo Gobierno expresaba a la Prefectura del Departamento la urgente necesidad de “organizar en el modo posible la universidad creada en Trujillo […] para que confiera los grados que deben preceder al estudio práctico de la jurisprudencia y sirvan de estímulo así a los que se dediquen a ella como a las demás ciencias”. Y continuaba: “[…] mientras se pone expedito el local señalado [Colegio de la Compañía de Jesús] para la Universidad de Trujillo, se establecerá ésta en el Colegio de San Carlos y San Marcelo [Colegio Seminario] donde se destinarán las salas necesarias para sus funciones, las cuales se arreglarán en lo posible a los estatutos de la Universidad de San Marcos”.
Es así que el 12 de Octubre de 1831, las autoridades y corporaciones ilustres de la ciudad de Trujillo se trasladaron desde el Salón Consistorial del Cabildo hacia la Capilla Interior del Seminario Conciliar San Carlos y San Marcelo, para presidir la ceremonia solemne de instalación de la Universidad de Trujillo, y que oficialmente asumía el nombre de Universidad de Santo Tomás y Santa Rosa de Lima, el 4 de noviembre de ese mismo año. En esta ceremonia la autoridad política tomó juramento al Vicerrector doctor Don Pedro José de Soto y Velarde, quien asumió las funciones directorales por ausencia del Rector Titular, Dr. Tomás Diéguez de Florencia, quien desempeñaba en Lima la dignidad de Arcediano y las funciones políticas de Senador de la República.
Es la cuarta universidad más antigua del país y la primera fundada en la época republicana.
Luego de su fundación, durante 45 años, desde el año 1831 hasta 1876, fue conocida como Universidad de Santo Tomás y Santa Rosa de Lima. Posteriormente, a inicios de 1900 el nombre fue cambiado y pasó a llamarse Universidad de La Libertad. En 1940, con la reforma educativa de aquel entonces, esta casa de estudios superiores pasó a tener el nombre actual, con el que todos la conocemos: Universidad Nacional de Trujillo.
Las primeras cátedras ofrecidas fueron: Teología Dogmática y Moral, Cánones y Leyes; Anatomía y Medicina; Filosofía y Matemáticas. Los primeros grados académicos otorgados fueron los de Bachiller, Maestro y Doctor en Leyes y Sagrados Cánones. En los primeros años, sus actividades académicas se rigieron por la Constitución de la Universidad Nacional de San Marcos de Lima, habiéndose dejado en libertad para que el Claustro adopte los reglamentos más convenientes. Adopta el sistema de Facultades a partir del año 1861.
En 1876 la universidad fue cerrada por un periodo de 18 años, siendo reabierta el 29 de abril de 1894. Su rector, para entonces, fue Pedro Martínez de Pinillos.
Sus aulas han acogido a miles de jóvenes estudiantes venidos de todas partes del país y de algunos países vecinos. Célebres personajes de talla nacional e internacional han sido alumnos de esta centenaria casa de estudios superiores; entre ellos: César Vallejo, Antenor Orrego y Luis Banchero Rossi.
Muchas actividades importantes se han llevado a cabo en esta universidad; así también su contribución para el desarrollo regional y nacional ha sido de gran trascendencia. En 1910 se creó la Facultad de Artes Industriales, para formar técnicos para la industria del azúcar, refinación de petróleo y metalurgia. Los docentes fundadores fueron los técnicos alemanes venidos a Casa Grande para la planta azucarera. Para 1930 se convierte en Facultad de Química Industrial; y en 1946 se transforma en Facultad de Ingeniería Química, de gran reputación en el ámbito académico nacional, siendo uno de sus egresados más célebres el destacado empresario peruano Luis Banchero Rossi. El 17 de febrero de 1956, el Presidente de la República, General Manuel Odría, promulgó la ley N° 12647 que daría paso a la creación de la Facultad de Medicina, en el actual terreno que hoy ocupa. Precisamente, esta Facultad es también una de las más destacadas en el norte del país.